前往六之岛的关键前提是完成主线剧情并击败四大天王成为冠军。在通关后，博士会主动联系玩家，若已收集60种不同的宝可梦，博士会帮助升级图鉴。这是解锁六之岛探索资格的必要条件，未满足时需继续补充图鉴数量。
获得彩虹通行证是前往六之岛的核心步骤。该通行证通常需要在完成特定岛屿任务后获得，例如在一之岛解决红宝石事件后，相关NPC会提供通行证。持有通行证后，需返回枯叶市或一之岛的码头，向船员出示凭证即可选择六之岛作为目的地。乘船前需确保队伍中有掌握冲浪技能的宝可梦，这是跨岛航行的基本要求。
六之岛的地形探索需要特殊技能配合。登岛后首要任务是前往遗迹山谷，从右侧冲浪进入绿色小径，穿过森林后会发现被树木阻挡的洞穴入口，需使用居合斩清除障碍。洞穴内部结构复杂，包含多层迷宫设计，其中蓝宝石获取任务需按特定路线行进：先向上，再向左，接着向右，最后向下移动才能触发剧情。该过程中会遭遇火箭队抢夺宝石的突发事件，击败他们可获得后续任务密码。
将火箭队提供的密码输入五之岛特定装置后，会开启隐藏区域的大门，内部需要战胜残留的火箭队成员夺回蓝宝石。宝石归还一之岛的研究员后，将激活跨区域通讯功能。岛内还存在未知图腾捕捉点，需推动特定位置的岩石解开机关，这些图腾分布在水之迷路等特殊区域，探索时需注意环境互动要素。
六之岛分布着高等级野生宝可梦和训练师，岩山隧道等区域需要闪光技能照明，部分水域需潜水技能深入。在完成蓝宝石任务后，可返回水蓝市触发超梦相关剧情，这是六之岛剧情的最终环节。整个探索过程需合理搭配队伍技能，包括碎岩、攀瀑等秘传技能都会在岛屿探索中发挥重要作用。
